PCR反应五要素
参加PCR反应的物质主要有五种即引物(PCR引物为DNA部分片段，细胞内DNA复1制的引物为一段RNA链)、酶、dNTP、模板和缓冲液(其中需要Mg2 )。
[PCR步骤]标准的PCR过程分为三步:
1.DNA变性(90°C-96*C): 双链DNA模板在热作用下，氢键断裂，形成单链DNA
2.退火(25C-65"C): 系统温度降低，引物与DNA模板结合，形成局部双链。
3.延伸(70°C-75*C): 在Taq酶(在72C左右，活性zui佳)的作用下，以dNTP为原料，从引物的5"端→3"端延伸，合成与模板互补的DNA链。
每一循环经过变性、退火和延伸，DNA含量即增加一倍。现在有些PCR因为扩增区很短，多重PCR扩增，即使Taq酶活性不是zui佳也能在很短的时间内copy完成，因此可以改为两步法，即退火和延伸同时在60°C -65C间进行，以减少一次升降温过程，提
高了反应速度。
突变：PCR克1隆的一大优点是能够通过克1隆将所需突变引入目的基因中，以便进行突变研究。在 定1点突变中，经过设计的PCR引物可将碱基置换、删除或插入整合到特定序列中。引物定位到已克1隆至质粒中的序列上。随后，含有引入突变的PCR产物通过自我连接，重新生成环状质粒，并用于转化感受态细胞。
测序：PCR是为测序富集模板DNA的一种相对简单的方法。为保证DNA序列准确性，强烈建议使用高保真PCR来制备测序模板。在 Sanger测序中，PCR扩增片段经纯化并用于测序反应。使用常用的测序引物结合位点对PCR引物的 5′末端进行标记，以简化测序工作流程。
二代测序 （NGS）中，PCR被广泛用于构建DNA测序文库。在NGS文库制备中，DNA样品通过PCR反应富集（在起始量有限的情况下）并使用adaptor（以及用于多重检测的index）标记。除了具有高保真度，DNA聚合酶还应具有zui小的扩增偏好性，从而使测序文库具有高覆盖度。
PCR出现假阴性
不出现扩增条带。PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及Br乙锭的使用， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制1剂，③模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。⑤模板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本的消化处理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液，其程序亦应 固定不宜随意更改。
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