如何确认RNA的质量
实时荧光定量PCR技术是通过测定RNA的转录水平来评估基因的活力。RNA样本提取的质量直接影响基因表达分析。影响RNA品质的因素有以下三种:RNA浓度、RNA纯度和RNA完整性。
检测RNA浓度、纯度和完整性的方式主要有以下几种:
紫外分光光度计法:
测量260nm吸收值计算RNA浓度,测量260nm/280nm吸收值的比值,用于评估RNA纯度。需要注意的是:在检测核酸物质时应该在固定的PH溶液中进行。
260nm/280nm的比值范围在 1.9~2.1 之间。<1.9,说明有蛋白质残留;>2.1,说明RNA可能发生降解。
琼脂糖凝胶电泳:
完整的RNA通常有三条带,zui亮的是28S条带,其次是18S条带,zui淡的是5S条带(部分试剂盒提取时会过滤掉5S条带)。通过琼脂糖凝胶电泳可以检测28S和18S的比值。该方法主要用于检测RNA的纯度和完整性。
如果28S和18S条带明亮、清晰、条带锐利,28S的亮度在18S条带的两倍以上,我们认为RNA的质量zui好。
若RNA条带出现弥散,原因可能:RNA被核酸酶降解、电压或电流过大、上样量过高或过低等。
DNA提取试剂盒是根据氯化芐法构建的,能够从样本中提取基因组DNA的试剂盒。氯化1苄具有能将含有纤维素等的细胞壁中的羟基苄基化,从而破坏细胞壁的特性。本制品利用了氯化1苄的这一特性,将植物样品冻结融解后,再使用Pipet Tip的尖1端将植物样品在Microtube壁上数次按压即可破坏细胞壁。本法与传统方法相比,省去了液氮研磨等烦琐步骤,有利于一次性处理大量样品。而且,本制品经过了改良,热处理时间只需15分钟,使用本制品从实验开始至水相回收只需30分钟时间。得到的基因组DNA可以进行PCR扩增及限制酶处理等。
DNA提取试剂盒主要可以分为以下几大类:小量全血基因组DNA提取试剂盒、中量全血基因组DNA提取试剂盒、组织/细胞基因组DNA提取试剂盒、中量/大量组织/细胞基因组DNA提取试剂盒、全血/组织/细胞基因组DNA提取试剂盒、CTAB植物基因DNA提取试剂盒、新型植物基因组DNA提取试剂盒、酵母基因组DNA提取试剂盒、M13噬菌体单链基因组DNA提取试剂盒。
tRNA二级结构
约50%碱基配对,形成四段双螺旋,与五段非配对序列形成三叶草形结构。
该结构中存在四臂四环:
①氨基酸臂。
②二氢尿C4H4N2臂(DHU臂、D臂)和二氢尿C4H4N2环(DHU环、D环),特征是含二氢尿C4H4N2(DHU、D)。
③反密码子臂和反密码子环,特征是反密码子环含反密码子。反密码子5′端与尿苷酸连接,3′端与piao呤核苷酸连接。TΨC臂(T臂)和TΨC环(Ψ环),核酸提取,特征是TΨC环含胸腺C4H4N2核糖核苷酸T54假尿苷酸Ψ55胞苷酸C56。
④额外环3~21nt。
tRNA三级结构呈L形,氨基酸结合位点位于其一端,反密码子环位于其另一端,DHU环和TΨC环虽然在二级结构中位于两侧,但在三级结构中却相邻。尽管各种tRNA的长度和序列不尽相同,但其三级结构相似,提示三级结构与其功能密切相关。
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