PCR引物设计的基本原则
引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。
引物碱基：G C含量以40-60%为宜，G C太少扩增效果不佳，G C 过多易出现非特异条带。ATGC建议随机分布，避免5个以上的piao呤或嘧1啶核苷酸的成串排列参照。
引物内部不应出现互补序列。
两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。
引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%，
引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增。引物3‘端的碱基，特别是zui末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，zui佳选择是G和C。
引物的5′端可以修饰。如附加限制酶位点，引入突变位点，用生物素、荧光物质、地1高辛标记，加入其它短序列，包括起始密码子、终止密码子等。
PCR原理
DNA的半保留copy是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶的作用下可以变性解旋成单链，在DNA聚合酶的参与下，根据碱基互补配对原则复1制成同样的两分子拷贝。在实验中发现，DNA在高温时也可以发生变性解链，当温度降低后又可以复性成为双链。因此，通过温度变化控制DNA的变性和复性，加入设计引物，DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外copy。
但是，DNA聚合酶在高温时会失活，因此，每次循环都得加入新的DNA聚合酶，RT-PCR试剂盒，不仅操作烦琐，而且价格昂贵，制约了PCR技术的应用和发展。
耐热DNA聚合酶-Taq酶的发现对于PCR的应用有里程碑的意义，该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活，不需要每个循环加酶，使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本，PCR技术得以大量应用，并逐步应用于临床。
差示PCR (differential PCR， d -PCR)技术
d-PCR可以定量检测标本靶基因的拷贝数。它是将目的基因和一个单拷贝的参照基因置于一个试管中进行PCR扩增。电泳分离后呈两条区带，比较两条区带的丰度，或在引物5°-端标记上放1射性核素后.通过检测两条区带放1射性强度即可测出目的基因的拷贝数。
定量PCR(quantitative PCR， qPCR)技术
qPCR技术是用合成的RNA作为内标来检测PCR扩增目的mRNA的量，涉及目的mRNA和内标用相同的引物共同扩增.但扩增出不同大小片段的产物.可容易地电泳分离。一种内标可用于定量多种不同目的mRNA。qPCR可用 于研究基因表达。能提供特定DNA基因表达水平的变化.在癌1症、代谢紊乱及自身免1疫性疾病的诊断和分析中很有价值。
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