1.与传统的蛋白表达系统相比，省略了耗时耗力的质粒转化、细胞培养、收集、破碎和离心等， 极大地提高了工作效率；
2. 反应体系小，能同时平行合成多种不同的蛋白质；
3. 反应周期短，能满足高通量配体筛选和蛋白质组学的科研要求；
4. 开放的反应体系，便于改变各项反应条件，有利于调控基因的转录，蛋白质的合成和翻译后修饰，避免包涵体的形成；
5. 稳定的反应体系，可以偶联其它工艺，形成自动化、程序化、规模化生产，加快重组蛋白的纯化、功能表征和后续的结构解析；
6. 无细胞结构限制，可用于生产对宿主有毒1害作用的外源蛋白，避免蛋白表达对宿主细胞的致死作用；
7. 添加非天然氨基酸或同位素标记氨基酸，表达特殊蛋白。
8.对于多次跨膜或由于疏水性强导致的普通细胞系表达困难的项目有显著改善。
无细胞蛋白质合成系统（The cell-free protein synthesis system）是一种以外源mRNA或DNA为模板，在细胞抽提物的酶系中补充底物和能量来合成蛋白质的体外系统。与传统的体内重组表达系统相比，体外无细胞合成系统具有多种优点，如可表达对细胞有毒1害作用或含有非天然氨基酸(如D-氨基酸)的特殊蛋白质，能够直接以PCR产物作为模板同时平行合成多种蛋白质，开展高通量药1物筛选和蛋白质组学的研究。
蛋白表达系统分类及优劣分析
原核蛋白表达系统既是zui常用的表达系统，也是经济实惠的蛋白表达系统。原核蛋白表达系统以大肠杆1菌表达系统为代表，具有遗传背景清楚、成本低、表达量高和表达产物分离纯化相对简单等优点，缺点主要是蛋白质翻译后缺乏加工机制，如二硫键的形成、蛋白糖基化和正确折叠，得到具有生物活性的蛋白的几率较小。
酵母蛋白表达系统以甲1醇毕赤酵母为代表，具有表达量高，可诱导，糖基化机制接近高等真核生物，分泌蛋白易纯化，无细胞表达系统，易实现高密发酵等优点。缺点为部分蛋白产物易降解，表达量不可控。
哺乳动物细胞和昆虫细胞表达系统主要优点是蛋白翻译后加工机制比较接近体内的天然形式，相对容易保留生物活性，缺点是表达量通常较低，稳定细胞系建立技术难度大，生产成本高。
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