农杆1菌转化法在植物遗传转化中的应用：过去认为受农bacillus宿主范围限制，农bacillus介导的遗传转化只限于双子叶植物。1987年Grimsly首先将玉米条斑病毒的cDNA克1隆至质粒上，用农bacillus侵染的方法将玉米条斑病毒的cDNA导入玉米，使植株表现了系统感1染症状。这个报道有力地证明了农bacillus能够侵染玉米这种单子叶植物。随着载体系统和转化方法的改进，农bacillus介导的遗传转化不再局限于双子叶植物，在一些单子叶植物如水稻、玉米和小麦等重要的农作物上也相继获得成功。
进入20世纪90年代后，腺病毒提取，农杆1菌转化法在水稻、玉米等重要的农作物上取得突破性进展。首先是1991年Gould和Shen等利用农bacillus转化玉米茎尖分生组织获得转基因植株。1998年Lupotto也实现了农bacillus转化玉米的成功，Southern杂交结果显示外源基因能够稳定遗传到下一代。
腺病毒载体的构建经历了体外直接连接、包装细胞内重组、细菌内重组、位点特异性重组4个发展阶段，同时随着分子生物学技术的发展，改进的体外连接法又得到应用。
体外连接法。这种方法需要全长腺病毒基因组和一个含腺病毒基因组左末端序列的质粒，包括左端反向末端重复(Inverted terminal repeat，ITR)、包装信号和E1A的增强子序列。将目的基因克1隆到质粒的病毒序列下游，ClaI酶切获得含目的基因的基因组左末端，连接到ClaI酶解的野1生型腺病毒基因组(ClaI在病毒基因组仅有一个酶切位点，位于E1A基因内部)，将得到的含目的基因的的基因组DNA直接转染包装细胞293，产生重组病毒颗粒。这种方法需要培养野1生型腺病毒以提取病毒基因组，能够使用的酶切位点仅有一个，连接效率低，而且仅删除了部分E1A基因，外源基因载量有限，所以现已淘汰不用。
真核细胞同源重组法
1994 年，Graham F建立了在293细胞同源重组产生重组腺病毒的方法。这个方法需要2个质粒：骨架质粒含有腺病毒绝大部分基因组序列，但不含有包装信号；穿梭质粒含有ITR、包装信号和目的基因克1隆位点，以及两段与骨架质粒有重叠的序列。将目的基因克1隆到穿梭质粒，与骨架质粒共转染293细胞，由于这两个质粒的部分序列有重叠，能够在细胞内发生同源重组，zui终产生完整的载体基因组，并包装出重组病毒颗粒。该方法曾经被广泛使用，推动了腺病毒载体的发展。由于细胞内重组效率低，某些重组事件还可能产生可copy病毒(RCV)，必需经过噬斑纯化才能获得正确的克1隆化的重组病毒，费时费力，正逐渐被其他方法替代。
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