分子克1隆
PCR被广泛应用于目标DNA部分片段的克1隆，该技术被称为 PCR 克1隆。在直接PCR克1隆中，DNA（如，gDNA、cDNA、质粒DNA）的目标区域被扩增并插入到特殊设计的兼容载体中。
除了制备插入片段，PCR Buffer，PCR也是一种在在克1隆后筛选克1隆是否携带目标插入片段的有效方法。引物经过设计，可以用于确定载体中插入片段是否存在和插入方向。
原位PCR( in situ PCR)技术
原位PCR综合了PCR和原位杂交( Insitu hybridization， ISH)的优点是一种在组织切片或细胞涂片上原位对特定的DNA或RNA进行扩增.再用特异性的探针原位杂交检测。原位PCR标本一般需先经化学固定，以保持组织细胞的良好形态结构。细胞膜和核膜有一定的通透性，PCR扩增所需的各种成分可进入细胞内或核内。在原位对特定的DNA或RNA进行扩增。扩增产物由于分子量较大或互相交织，不易透过细胞膜向外弥散，故保留在原位。这样就很容易应用ISH将其检出，同时还可对目的DNA序列的组织细胞进行形态学分析。
PCR引物设计的基本原则
引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。
引物碱基：G C含量以40-60%为宜，G C太少扩增效果不佳，G C 过多易出现非特异条带。ATGC建议随机分布，避免5个以上的piao呤或嘧1啶核苷酸的成串排列参照。
引物内部不应出现互补序列。
两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。
引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%，
引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增。引物3‘端的碱基，特别是zui末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，zui佳选择是G和C。
引物的5′端可以修饰。如附加限制酶位点，引入突变位点，用生物素、荧光物质、地1高辛标记，加入其它短序列，包括起始密码子、终止密码子等。
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